“刺马案””杨乃武与小白菜案”、名伶”杨月楼案”和 “太原案”为清末四大奇案，而最为著名就是刺马案，顾名思义，刺马案就是刺杀两江总督马新贻案。刺马案看着表面上是一个普普通通的刑事案件。但究其根底还是清朝高层之间的政治斗争。 下面就说一说刺马案的始末。
事情发生在同治九年七月二十六日上午，两江总督马新贻来到校场去检阅士兵，因为原来的总督府被太平天国改为了天王府，后来太平天国失败后，又被曾国荃一把火烧了，所以其暂借江宁府衙门作为总督衙门，阅兵也在江宁府校场。而每年的总督阅射是当时江宁一大盛事，允许百姓们前来观看，所以在马新贻回署的路上就簇拥着许多观看的百姓，刺客马汶祥就混迹在其中。
当马新贻回署时，有人上前来请安，不料却一刀刺向他，之后刺客并不逃跑，而是高声大喊：”刺客就是我张汶祥！”马新贻因伤口太深，生命垂危，他知道自己命不久矣，便口授遗疏，令其子毓桢代书，请魁玉代呈朝廷。他悲哀地说：” 伏念臣身经行阵，叠遭危险，俱以坚韧固守，幸获保全。不意戎马余生，忽遭此变，祸生不测，命在垂危，此实由臣福薄灾生，不能再邀恩眷。而现当边陲未靖，外患环生，既不能运筹决策，为朝廷纾西顾之忧，又不能御侮折冲，为海内弥无形之祸，耿耿此心，死不瞑目。”之后马新贻救治无效，命丧府衙。此为刺马案始末，乍一看没什么问题，很普通的一件刺杀官员案，但细细思量，其中有大问题。因为马新贻是慈禧太后的白手套，负责处理慈禧太后所安排的事，而在刺马案后，慈禧太后在对待这件案子的时候，处理的很是暧昧，她只是将这个案件进行刺杀的人正法了，但是对于此人背后明显的势力却没有去追究，所以很多人才会对这个案件疑惑不已，因为就这位太后以往的脾气，她一定会将这位中央大员的死彻查清楚，毕竟打狗还要看主人，而且这条狗主人的势力，很明显是较大的。
刺马案之所以能列四大案之首，是因为此案的背后牵扯到了清廷和湘军巨大的政治利益和秘密。要知道太平天国在南京经营长达十一年，后期的太平天国生活逐渐腐化，聚敛了大量的财富，而当年曾国藩攻陷南京，消灭太平军之后，将太平天国所有的金库打开确上报给朝廷金库无金，空空荡荡。所以引起了清廷的怀疑。
在这之后马新贻从闽浙总督调任两江总督，本来是一件好事，毕竟两江是朝廷赋税重地。表面上看这次平级调动，实际上却可以说是升职。但他并没有表现出兴高采烈的样子，相反垂头丧气，如丧考妣。 根据马新贻的儿子马毓桢的回忆，在接任两江总督前，马新贻曾经进京觐见慈禧太后，出来后，莫名惊恐，举止失常，大汗淋漓，就连朝服都被汗水湿透了。 按照官场的常态，马新贻应该拜会军机处和各部堂官，让他们以后多多照应自己。但他没有，他迅速回了一趟自己的老家山东菏泽，拜祭了一下自己的祖坟。然后他对自己的两个哥哥说：我此去吉凶难料，万一有不测，千万不要到京告状，要忍声吞气方能自保。
马新贻的儿子在民国时期曾经对别人说：慈禧太后让他调查太平天国国库金银财宝下落不明一案，并且想方设法削弱湘军军官对江南官场的控制和垄断。 这都是大案，触及湘军根本利益，湘军可是满清最大汉族官员集团！所以，马新贻才会这么害怕，办事也不按常理，也不敢见京城高官。而是回老家交代后事！ 在镇压太平天国最紧要的关头，清政府不得不授予曾国藩权宜之计，让他节制江苏、浙江、安徽、江西4省的军政大权。曾国藩借机把他的同乡和门人派到这四省担任大小官员，实际上控制了这四个省。
在上任的两年里，马新贻按照朝廷指示，大量裁撤湘军。而被裁撤的湘军，却没有回原籍湖南，而是逗留当地，加入哥老会等流氓组织。这些流氓组织和湘军狼狈为奸，横行乡里。身为两江总督的马新贻自然要镇压这些人。看见有闹事的人，看见有不服从规定的湘军残余，便采用较为严厉的手段和方式去镇压、去压制。大家可能会觉得此人这样做难道不怕得罪湘军势力吗？但你要知道，他的到来，就是为了替远在京城的太后处理这些不可一世的地方武装，用俗话说就是带着尚方宝剑来的。而这种行为也是湘军若不能忍受的，忍一时可以，不能忍一世啊，况且让这马大人继续待在这指不定查出什么事呢，所以必须让他死才能让他人睡个安稳觉，既然你马新贻敢查湘军，湘军自然敢对马新贻下手。之后就发生了刺马案。
在马新贻被刺杀后，清政府处理凶手的暧昧。不深挖后面势力的原因就是当时清政府的八大总督中就有三名是湘系军官（两江总督曾国藩，直隶总督刘长佑，闽浙总督左宗棠）。四川总督骆秉章曾经担任过湖南巡抚，后来与曾国藩来往甚密，两广总督毛鸿宾也和湘军有千丝万缕的联系。这些人仍然是慈禧太后的眼中钉，肉中刺。但是还不得不用，如果法办一个很可能会引起全国震动，甚至出现第二个太平天国。正因为如此，清廷立刻调曾国潘回南京，以防止局势发生进一步恶化。而且结案后，曾国潘上书说，没有别的隐情可查了，清廷就立马中止了刺马案的继续调查，显然大家都心知肚明，没必要彻底撕破脸皮。
马新贻的死，是一个政治悲剧，他只是这场政治格局中的一个棋子而已，换做是其他非湘军派系的人来坐镇，结果都是一样的。而刺马案也成为了清廷晚期颓势的一个缩影