电视剧《漫长的季节》分三条时间线，分别1997年，1998年，2016年。
1997年。
为摆脱控制性侵自己的大爷沈栋梁，沈墨考上桦林医学院，离开松河来到桦林读书，和亲弟弟傅卫军团聚。
王阳高考落榜，他靠着朋友曲波混进桦林医学院里撩妹，遇到来报到的沈墨，二人相识后不久，沈墨到夜总会弹钢琴勤工俭学，王阳在曲波的介绍下也来了这里打工。
沈墨弹琴时被社会人海哥羞辱，当晚海哥被傅卫军隋东打掉了牙，遇到此事的王阳也上去加了一脚。之后傅卫军经常开摩托来接沈墨下班，某次买馄饨时遇到夜总会舞女殷红，让了一碗给她。
沈墨军训王阳给他打雨伞，被医学院领导抓住，被教育后罚写检查。但王阳并没放弃，他带沈墨去看火车，给她读自己写的诗，给她带锅包肉，二人关系开始拉近。
此时桦钢已经传出下岗的消息，工人们都传言：厂长宋玉坤和港商卢文仲勾结侵吞国有资产。
王响认为自己根正苗红不会下岗，他发现管磅房的李巧云和一群工人合伙偷盗公家的物资，王响在火车上做了手脚，导致他们在偷盗时车子熄火，被人发现车上运的货有问题。
刑建春送烟给王响拉他入伙，王响拒绝了。因为他动了别人的利益，家门前被人挂了死老鼠，几个小伙在洗澡房堵住王响，但王响一嗓子就叫来了货运段的兄弟，震慑住这帮人。
为家里的生计，李巧云去了夜总会陪酒。
王响想让王阳进桦钢工作，他发现最近王阳经常晚归，找到夜总会发现王阳在那里当待应，父子大吵一架，不欢而散。离开时，王响看到货运段的同事刘全力带孩子来夜总会接李巧云下班。
经过罗美素的开解，王阳用领的第一次工资给王响买了件红毛衣。王响嘴上说不要，身体却很诚实，心里更是美滋滋。
因为李巧云的事，王响更想让儿子进桦钢工作。他想给厂长宋玉坤送了两瓶酒求他帮忙，却撞见宋玉坤和黄丽茹偷情，安排工作的事也没说出口。宋玉坤收了王响的酒，之后送给了龚彪。
刑建春一直记恨王响，借王阳来厂里送饭，设计他意图偷盗财务室，王响为了儿子只能服软，答应帮刑建春运货，还让王阳给刑建春道歉，此事导致父子的隔阂更深了。
厂长宋玉坤给了卢总一张在十七号兑现的八十万汇票，二人侵吞着国有资产，还约好去夜总会玩。此时王响为王阳进厂和他被冤枉偷盗财务室的事情，来找宋玉坤解释，他揭发刑建春偷盗公家财物设计王阳报复自己，还表示自己不会把那晚看到的事情说出去，宋玉坤直言他想以此威胁自己，嘴上硬气心里却怕了，以王阳有偷盗嫌疑不同意他进桦钢，王响大怒和宋玉坤大吵一架。
另一边，傅卫军和隋东偷了峰哥的车，被他带人堵了，傅卫军一刀吓退峰哥。事后，二人凑够了本钱，给沈墨庆祝生日时，三人决定开个录像厅。
沈栋梁带着赵静来桦林看病，他找医学院的同学详细询问了沈墨的事情，又找了夜总会经理，靠着自己的关系让经理辞退了沈墨。他还嘲讽王阳不配跟沈墨在一起。
王阳约沈墨看电影铁达尼号，却被王响困住不能赴约。沈墨独自看完电影后遇到了沈栋梁，他又借送衣服的事猥亵毒打沈墨，不停地PUA她。沈墨和王阳见面， 说自己和他的命不一样，二人不可能在一起，王阳竟然跳河明志。沈墨受到鼓励。二人开始了交往。不久沈辉的手被傅卫军打断，沈栋梁只能带赵静回松河，临走前沈墨和他摊牌，二人彻底翻脸。
一九九八年。
沈墨带王阳去傅卫军开的录像厅玩，三人认识后，沈墨又继续回到夜总会上班，遇到卢总给她送花。
沈栋梁报复沈墨，把她的祼照贴到医学院里，沈墨被学校领导问话，王阳也因此和她吵了一架。
李巧云被客人灌酒时被殷红救下，殷红醉酒后，在车上呕吐，被沈墨带到录像厅。傅卫军再遇殷红，对她产生好感。
殷红却被卢总拿下，卢总还要殷红帮他得到沈墨，殷红拒绝了傅卫军，对沈墨下药。将她送给卢总侵犯。事后沈墨怒撕殷红，被她嘲讽大家都一样是卖的。同时峰哥来找傅卫军报复，砸了录像厅，隋东被烙铁烫伤嘴进了医院，傅卫军受伤。王阳听到殷红说卢总睡了沈墨，他找卢总算账却被暴打，还被经理赶出了夜总会。
王阳来找沈墨，发现傅卫军受伤，隋东入院，沈墨三人被压迫到极限，决定报复。
沈墨假意对卢总示好，把他带到录像厅，三人制服卢总，卢总以汇票做为赔偿求放过，王阳傅卫军去银行取钱时发现卢总耍了他们，钱必须十七号才能取出来，王阳还差点被银行扣下。二人回来后，卢总已经死在沈墨手里。
王阳把卢总的尸体抛进了桦钢的火炉里，虽然被人看到，但那人也没有多管。
傅卫军烧了卢总的车，沈墨和王阳约定一起离开，让王阳先回家去。王阳从此天天不敢出门。卢总失踪多日不见人影，桦钢的工人们都说他卷钱跑路了。
殷红来找沈墨，她说出自己听到卢总和沈墨通话的事，敲诈沈墨，沈墨对她起了杀心，想出顶替她的计划，解决了她后，分尸装袋。砍下自己的手指误导警方。
傅卫军抛尸时，正碰上桦钢的工人们闹事。警察赶来调解，马德胜小崔李群都在其中。王响和工人们洗澡时议论港商跑路的事情，之后便回了家。
厂办和工人发生冲突，马德胜被一个小孩用弹弓打了，他抓了小孩子教育一通。王响回家路上碰到翻垃圾的老人，他教育了老人一句，回家后王阳还在睡觉，他觉得儿子有点神不守舍的。
翻垃圾的老人翻出了尸块，碎尸案案发，马德胜带小崔展开侦察。怕血的刑建春整个一废物，找看热闹的王响跟警察进现场，王响被吓到呕吐上了救护车，龚彪负责送到他医院，二人就此认识，龚彪也看上了王响妻子罗美素的表妹黄丽茹。
王响入院后，妻子不愿他多和黄丽茹交往，话里透露这个表妹作风不正，为人很浪。宋厂长带人来看他，借此宣扬自己爱厂如家，还拉着黄丽茹一起拍照登报。为后来他和黄丽茹的奸情埋下伏笔。
卢总的失踪闹得厂里人心惶惶，车间都停工了，工人们闹着要看下岗名单，为此李巧云还打了厂办的人。事情越闹越大，公安局长重点督办此案，马德胜的心思却放在碎尸案上。小崔推测卢总是和姘头跑了，警察也去了夜总会调查，这给后来警方误判卢总和沈墨是情人，因钱财纠纷被傅卫军和王阳杀死提供了基础。
龚彪为追到黄丽茹，把看到王响在下岗名单上的事情告诉他，王响帮龚彪约了丽茹看电影。但黄丽茹只关心龚彪有没有分房。
王响开始查碎尸案，想以此立功保住工作。马德胜警车上的备胎被峰哥偷了，他帮手找了回来。
得到马德胜的认可之后，王响表露了自己想借立功保住工作的想法，马德胜答应了他的要求。王响到处找线索，和刑建春的手下交流时得知钢厂冶炼炉边曾有可疑人物出现。他去蹲守，却遇到龚彪，王响送给宋玉坤的酒又回到他手里。
警察发现其余的尸块，里面有沈墨的桦医饭卡，查到学校得知祼照的事，还有王阳和沈墨的关系，并找沈栋梁来认尸，沈栋梁认出了尸体不是沈墨，但没有说破。
警察也找来王阳问话，马队则让王响不要再碰案子的事情。
因为王阳被警察叫去问话，王响质问王阳，他却半路跳车跑了。王响翻查王阳的东西，发现一件沾血的桦钢冶炼防护服，他在曲波的帮助下找去了录像厅，找到王阳和一张写着“十七号走桦运专线”的纸条，想到刑建春手下说过的话，他明白王阳和碎尸案有关，但王阳什么都不肯说，他只好把王阳绑在家里。
王响带上有血的防护服去找马德胜帮忙，正碰到李群在布置警力抓捕提现卢总八十万汇票的人，他只好回去。原来那天王阳去提钱的事已经被警察注意到，因为卢总就是给桦钢提供原材料的人，他和宋厂长勾结侵吞桦钢的财产，宋厂长给了他一张八十万的汇票，警察查到他失踪前给司机打了个电话报平安就没信了。
现在桦钢员工因为港商卷钱跑路闹事，朱局要马德胜全力追查此事，但马德胜却执意去了松河，找沈栋梁质问他侵犯沈墨的事情，沈栋梁嘲笑他死无对证，永远别想破案。马德胜把沈栋梁打了一顿，因此被停职。与此同时，李群接手了追查卢总汇票的案件。
此时碎尸案和失踪案两个案件终于联系起来，观众因为有上帝视角可知，卢总不是失踪而是死在了沈墨手里，尸体已经被王阳丢进了桦钢的冶炼炉。沈墨又杀了殷红，把自己的手指和饭卡混入碎尸中误导警察认为死者是她。
十七号，王阳从家中逃了出来，傅卫军再去银行提钱时被李群带人抓获。临行前他给沈墨留下字条，要是他出事了，沈墨就和王阳一起走，他会承担一切。
另一边，王响偷拿了保卫科一根电棍，找龚彪帮手抓儿子，黄丽茹却突然对龚彪投怀送抱，二人搞在一起后，龚彪失约，王响只能独自去了桦运铁道边，遇到男装的沈墨，他只看到沈墨的背影，却被沈墨电晕。
离开铁道的沈墨在小凉河桥上遇到王阳，王阳劝她自首，说自己去给她顶罪，要是不死的话，希望她能等他出来。沈墨说出她杀了殷红，利用碎尸案顶替了她，自己已经无法回头了。她恳求王阳和自己一起离开，王阳犹豫了。沈墨万念俱灰，跳河自杀，王阳跳下河救她，用尽全力把沈墨推上了岸边，自己却力尽而亡。
第二天，桦钢开大会宣布下岗职工名单，王响没能找到儿子，对此漠不关心，龚彪在会场上炫耀黄丽茹送他的绿围巾，还说自己过段时间要和厂医院的一枝花办婚宴了，知情的员工都暗地里笑他当了接盘侠。原来黄丽茹就是那晚和宋玉坤在一起的情人，宋玉坤老婆去了厂医院大闹，她和老宋的事很多人都知道了。打脸来得就是这么快，不一会儿，龚彪也在无意间发现黄丽茹和宋玉坤的奸情。
宋玉坤在大会上作报告时，龚彪直接质问老宋和黄丽茹的关系，大闹会场，被刑建春带人打了一顿，二人自此结怨。王响劝下了刑建春，从龚彪口中得知事情的起因。
宋玉坤宣布下岗名单，公报私仇把龚彪放在第一个，接着被念到名字的工人都愤怒不已。因为王响知道老宋和黄丽茹的事情，所以名单里没有王响，但王响却冲上台暴打了他，榜上有名的工人也冲上台帮忙。混乱之中黄丽茹被撞倒流产，从此不孕。
混乱后，宋玉坤和刑建春商量要报复动手的工人，纪委收到举报来带走了宋玉坤。
空无一人的会场上，马德胜来找王响，王阳找到了，但已经溺亡。王响抱着儿子的尸体悲痛欲绝。
而此时，在发现王阳尸体的不远处，死里逃生的沈墨就在那看着。她为了不辜负傅卫军的牺牲，只能远远的逃去内蒙古。
王阳死后，因为他身上除了跳河时撞击水面的淤青并无其他伤痕，所以警察定性为自杀，王响不信儿子会自杀。马队看到痛苦的王响无言以对，他因为暴打沈栋梁的事情被停职，李群接手一切相关的工作。马队知道案子有疑点，但是傅卫军顶罪和王阳的死亡给案子划下了句点。而且领导对宋厂长勾结卢总侵吞工人下岗安置费的案子更加重视，他知道这案子翻不了了。自己明知道沈栋梁的恶行却无计可施，对此失望透顶的马队脱下了警服。
罗美素受不了打击，给王阳办完后事便上吊自杀，妻儿俱亡的王响想卧轨自杀，却听到婴儿的哭声。在火车开过来之前，他滚到一边，接着循着声音发现一个弃婴，王响抱起婴儿，给他取名王北，二人一起生活。龚彪也和黄丽茹结婚。
2016年。
这些年王响和龚彪当了出租车司机，而监狱里的傅卫军一直和远在内蒙古的沈墨通信，2016年，他死在监狱里，一直注意他的沈栋梁领走了他的骨灰和他跟殷红通信的信件，通过信上的地址联系到沈墨，为了除掉沈墨，沈栋梁还买了假车牌，由刑建春送货上门。
沈墨为拿回弟弟的骨灰，回到了桦林，被沈栋梁开着沈辉的车撞了，但她只受了轻伤，在医院留下假名林木华和假电话号码离开了。同时龚彪用黄丽茹开店的十五万买了一辆便宜车，这辆车的车牌和沈栋梁撞沈墨的车套牌了，龚彪的车被扣下。王响帮他找到了套牌车，龚彪又通过药店的小露查到沈墨，小露受伤入院，王响看到小露拍的沈墨的背影照片，王响意识到她就是十八年前，在桦运铁道边见到的那个人，是和王阳之死有关的人。
王响动员龚彪和马德胜帮他调查当年的真相，他们抓到了身患尿毒症挂着尿袋的刑建春，王响心软放了刑建春一马，刑建春给了沈栋梁的居住信息，还在王北的协助下画出了他的画像。
王响三人找到了套牌车司机沈辉，但沈辉不承认撞人的事，三人通知警察抓了他， 龚彪拿回了车，又用车给黄丽茹抵债，丽茹却要和他离婚。
马德胜找到已经是副局长的李群谈起想看当年的卷宗，李群拒绝了。
马德胜在交警队看到沈栋梁来办理沈辉的事，意识到当年的王阳的案子果然有问题。
三人再去找沈栋梁，发现沈栋梁被杀了。
通过沈栋梁的命案，李群也意识到不对劲，于是开始调查傅卫军，得知傅卫军一直和身在内蒙古的“殷红”通信。
此时通过监控，李群知道了车祸当天开着套牌车的司机其实是沈栋梁。李群通过线索推理出殷红就是沈墨，小露也醒来了，表示那晚打伤自己的是个女人。
李群还推测出，沈栋梁是通过傅卫军信件上的地址，联系到沈墨。沈墨回到桦林后，他买了套牌给车子伪装，想撞死沈墨，沈墨逃走后反杀了他。李群找到了案件真相，但是想不通这对父女互相残杀的动机。
此时王响陪着马队来到警察局，马队说出了自己的推论，沈墨当年没有死，碎尸案死者另有其人，并说出沈栋梁长期性侵控制沈墨，沈栋梁妻子赵静对此装聋作哑视而不见的事情。
马队还说出，沈墨为摆脱沈栋梁，利用碎尸案假死，但沈栋梁当年认尸时就发现尸体不是沈墨。所以他拿走傅卫军的信件和骨灰，通过上面的地址联系到沈墨。
至此，碎尸案真相大白，沈栋梁的恶行也为人所知。李群宣布立即对赵静治疗的医院布控。
得知一切的王响到赵静治疗的医院蹲守，沈墨果然来了医院，了结了这个沈栋梁的帮凶。离开时，她上了王响的出租车。
命运终于让他们见面了。
王响开车把沈墨带到王阳溺亡的地方。警察也发现是王响带走了沈墨，为安抚王响，找到了王北带了过来。
面对王响的质问，沈墨说出了王阳没有杀人，殷红卢总都是自己杀的。
得知儿子是清白的以后，王响大吼着问沈墨为什么要杀王阳，他认为沈墨是为了隐瞒自己的行踪杀了王阳，想开车带着沈墨一起去死。沈墨却说，当年她万念俱灰跳河自杀，王阳为救她也跳了下去，把她推上了岸后，自己却力尽而亡。
得知儿子死亡真相后，王响在最后一刻停止了自杀行为，但是车速过快车翻了，还着了火，王响为救出车里的沈墨，脱下王阳送给他的毛衣灭火，救出沈墨后，毛衣烧成灰烬，缕缕青烟飘上天空，似乎这是王阳最后一次守护沈墨了。
警察赶来逮捕了沈墨，围绕着她的那段漫长的季节，终于结束了。
王响摇晃着走到王阳跳河的桥上，他终于给了妻儿一个交代，却突然心脏病发倒在地上，恍惚间，他想起捡到王北的事情。
回过神来，王北正抱着自己在叫警察救他。王响看到天上飘起了雪花，这场雪好像来自十八年前，现在，这个围绕着他的漫长的季节也终于过去了。他对王北说，自己不会有事的，一切都会好的。
不久后，王响的心脏搭桥手术成功，李巧云和王响在一起了，马队也恢复了健康。
送王北去北京的路上，王响尿急，下车到玉米地里方便时，遇到一辆火车开过，他仿佛看到了年轻的自己，他对年轻的自己高喊着：向前看，别回头！这一刻，王响终于彻底抛开了过去的阴影。