千里莺啼绿映红,水村山郭酒旗风。南朝四百八十寺,多少楼台烟雨中。 ——杜牧《江南春》
小时候学这首诗时，一直以为南朝四百八十寺这是为了写诗虚拟夸张出来的。
直到去了南京鸡鸣寺，才知道古鸡鸣寺自古有“南朝第一寺”，“南朝四百八十寺”之首寺的美誉，是南朝时期中国的佛教中心。
朱自清曾经这样评论南京城:“逛南京就像逛古董铺子，到处都有时代侵蚀的遗痕…….. 所以我劝你上鸡鸣寺去，最好选一个微雨天或月夜。”
南朝梁，梁武帝经常到寺里讲经说法，听众逾万，并曾先后四次舍身为僧，脱下皇帝龙冠蟒袍，穿上僧衣，人称为“皇帝菩萨”。由于皇帝的尊崇，鸡鸣寺寺俨然如当时南方之佛教中心，天竺高僧菩提达摩从印度来建康时，整个寺院依皇家规制而建，规模宏大，金碧辉煌，盛极一时，无愧于“南朝四百八十寺”首刹之誉。
自梁以后，历经隋、唐、宋、元各朝代，虽钟鼓香灯不泛声焰，然而规模卑隘，远非昔时能比。
明时香火鼎盛。据传皇后马娘娘及各大臣眷属也常来鸡鸣寺敬香，并为此特开凿了一条进香河，直至山门、鸡鸣寺由此名声大振，四方威名。
明永乐年初，朱棣为迎西藏僧哈立麻大宝法王，在山下建施食台，每年遣官谕祭，延请僧人在此超度亡灵，结坛施食，后人称“施食台”，又名“志公台”。
康熙皇帝南巡时，曾登临寺院，并为这座古刹题书了“古鸡鸣寺”大字匾额。
寺名由来
关于南京鸡鸣寺名称的起源有一说，就是认为是因寺前有鸡鸣埭而得名，清人余宾硕的《金陵揽古》中，有一条关于“鸡鸣寺”的记述，曰：“寺前有鸡鸣埭。齐武帝早游钟山，射雉至此，始闻鸡鸣也。”非常简单的记述，没有曲折和趣味的故事。清初诗坛领袖、刑部尚书王士祯《登鸡鸣寺》的诗更有影响：“鸡鸣山上鸡鸣寺，绀宇凌霄鸟路长。古埭尚传齐武帝，风流空忆竟陵王。”
其实，余宾硕的记述和王士祯的诗都误引了齐武帝习武鸡鸣埭的典故，造成了鸡鸣山、鸡鸣寺名称与鸡鸣埭密切关系，让人们以为“鸡鸣寺”之名是由鸡鸣埭而来的。造成了后来的误解。
实际上，鸡鸣寺与鸡鸣埭相去甚远，“鸡鸣寺”的取名与鸡鸣埭无关，史学家蒋赞初先生说“鸡鸣埭在玄武湖北”，清末文人壬氏父指明“在迈皋桥附近”，显然，并非鸡鸣寺前有鸡鸣埭。真正的原因是，鸡鸣寺因鸡鸣山而得名，原来，该山为北极阁山。
后来，文化水平不太高的朱元璋夺取天下之后，也知道文化的重要性，他想建造国子监，就亲临鸡笼山去选址，后来在鸡笼山东麓选中了馆址，很可能是在竟陵王子“集四方学士”旧址上，但其山名“鸡笼”，显然不合圣意，就改名为“鸡鸣”，取的是“晨兴勤苦”之意。